Trích thư của Súy phủ Sài Gòn gửi Bộ Ngoại giao Pháp ngày 14 tháng 2 năm 1863:

Sau khi chúng ta chiếm đóng ba tỉnh Nam Kỳ...các dòng họ và nhân vật có tên tuổi tại triều đình Huế chia làm hai nhóm: Một nhóm do ông Phan Thanh Giản, một trong những sứ giả đã ký hòa ước với ta cầm đầu. Họ nghĩ rằng chẳng thà "ngăn lửa không cho cháy lan chỗ khác" để lập lại sự an ninh và thịnh vượng cho những vùng còn lại...Một nhóm khác, do ông Trương Đăng Quế, Giám đốc sở Thương bạc, thì cho rằng dầu bị thiệt hại và hy sinh đến đâu cũng phải tiếp tục trường kỳ kháng chiến với chúng ta, như vậy mới hy vọng được chúng ta mỏi mệt và chán ngán rồi bỏ xứ mà đi. Hiện thời nhóm thứ nhì hình như thắng lợi, cho nên tính mạng của ông Phan Thanh Giản bị đe dọa nặng nề...

Ghi chép của Giám mục Pellerin tại Huế ngày 17 tháng 9 năm 1864:

Có một cuộc âm mưu lớn lao xảy tại đế đô. Cuộc âm mưu này do gần bốn ngàn nho sĩ đang tụ họp tại kinh thành để thi hương, gần phân nửa hoàng thân quốc thích và một vài quan lại...Họ muốn tiêu diệt cả người Âu châu và người theo đạo Da Tô. Nếu công việc của họ thành tựu tại đây thì họ sẽ tiếp tục hành động ở các tỉnh khác, còn nếu nhà vua có cản trở họ, thì họ sẽ phế nhà vua và đem một hoàng thân lên thay thế. Người ấy có lẽ là công tử Hồng Tập, con của Phú Bình Công, một trong ba hoàng thân có tiếng tăm. Kế hoạch của họ là: người thì lo chiêu tập quân lính, người thì ra lịnh khởi công, người thì lo mở cửa thành v.v...Khi nhà vua bị hạ rồi, thì họ ra tay tiêu diệt các người theo đạo Da Tô, sau đó họ sẽ đem tất cả lực lượng quân đội xuống Nam Kỳ để đánh đuổi người Lang Sa (Pháp) ra khỏi xứ. Đây, dự định của bọn điên cuồng ấy là như vậy đó! Họ không ngừng lại giữa đường đâu...[7]